ไซโคลเพนทิลไฮดราซีนไฮโดรคลอไรด์ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาสำหรับการเตรียมสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่าง ๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง สารประกอบนี้ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการผลิตยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในห้องปฏิบัติการวิจัยเพื่อศึกษาอนุพันธ์ของไฮดราซีนและการประยุกต์ใช้ที่เป็นไปได้ในเคมียารักษา บทบาทของมันในการช่วยให้เกิดการก่อตัวของโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนทำให้มีคุณค่าในการพัฒนาสารประกอบเคมีใหม่ที่มีศักยภาพในการบำบัดหรือใช้ในอุตสาหกรรม