ใช้หลักๆ เป็นตัวทำละลายและสารตั้งต้นในกระบวนการสังเคราะห์อินทรีย์ โดย trans-1,3-Dimethylcyclohexane มีการนำไปใช้ในการพัฒนาสารเคมีละเอียดและเภสัชภัณฑ์ โครงสร้างไซโคลอะลิฟาติกที่เสถียรทำให้เหมาะสมเป็นตัวทำละลายแบบไม่ขั้วสำหรับปฏิกิริยาที่ต้องการสภาวะเฉื่อย นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาสเตอรีโอเคมีและผลกระทบทางคอนฟอร์เมชันในวงแหวนหกสมาชิก เนื่องจากการจัดเรียงเชิงพื้นที่ที่ชัดเจนของหมู่เมทิล นอกจากนี้ อาจใช้เป็นสารตัวอย่างในงานศึกษาน้ำมันเชื้อเพลิงและการระเหยในส่วนผสมไฮโดรคาร์บอน