S-Benzylthioacetimidate, Hydrochloride ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญสำหรับการเตรียมสารประกอบชีวภาพที่ใช้งานได้หลากหลาย มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์ thioamides และ thioesters ซึ่งสำคัญในงานวิจัยเภสัชกรรมและการพัฒนายา สารประกอบนี้ยังใช้ในการปรับเปลี่ยนเพปไทด์และโปรตีน เพื่อช่วยในการศึกษากโครงสร้างและหน้าที่ นอกจากนี้ยังประยุกต์ใช้ในการพัฒนา agrochemicals โดยมีส่วนช่วยในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ บทบาทในการอำนวยความสะดวกปฏิกิริยาเคมีซับซ้อนทำให้เป็นรีเอเจนต์สำคัญในห้องปฏิบัติการทั้งทางวิชาการและอุตสาหกรรม