เอทิล โพรพิโอนิมิเดต ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลัก ๆ ในงานสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารเคมีหลักสำหรับการนำกลุ่มเอทิล โพรพิโอนิมิเดต เข้าสู่โมเลกุล ซึ่งมีประโยชน์อย่างยิ่งในการปรับเปลี่ยนโปรตีนและเปปไทด์ เพื่อช่วยในการศึกษากโครงสร้างและการทำงานของโปรตีนเหล่านี้ นอกจากนี้ ยังมีการประยุกต์ใช้ในการเตรียมสารประกอบที่ออกฤทธิ์ทางชีวภาพต่าง ๆ ซึ่งมีส่วนช่วยในการวิจัยและพัฒนายาเภสัชกรรม บทบาทของมันในปฏิกิริยาการเชื่อมขวางยังทำให้มีคุณค่าในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการสร้างโพลิเมอร์ที่มีคุณสมบัติเฉพาะ