อิมีดาโซล ไฮโดรคลอไรด์ ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการวิจัยทางชีวเคมีและเภสัชกรรมในฐานะสารบัฟเฟอร์ โดยเฉพาะในการชำระล้างโปรตีนและเอนไซม์ มันช่วยรักษาสภาพแวดล้อม pH ที่เสถียร ซึ่งมีความสำคัญต่อการทำงานที่เหมาะสมของโมเลกุลทางชีวภาพในระหว่างกระบวนการทดลอง นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ต่างๆ รวมถึงยาต้านเชื้อราและยาต้านแบคทีเรีย ความสามารถในการทำหน้าที่เป็นลิแกนด์ในเคมีเชิงประสานยังทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาพอลิเมอร์โลหะสำหรับการเร่งปฏิกิริยาและการประยุกต์ใช้วัสดุศาสตร์ นอกจากนี้ อิมีดาโซล ไฮโดรคลอไรด์ ยังถูกนำมาใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตร สนับสนุนการกำหนดสูตรยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชที่ปกป้องพืชผลจากศัตรูพืชและโรค