Abatacept ใช้หลักในการรักษาโรคภูมิต้านตนเอง โดยเฉพาะโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ (Rheumatoid Arthritis) โดยทำงานยับยั้งการกระตุ้นของเซลล์ T ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการตอบสนองภูมิคุ้มกันที่นำไปสู่การอักเสบและความเสียหายของข้อต่อในโรคข้ออักเสบรูมาตอยด์ โดยการปรับเปลี่ยนกระบวนการตอบสนองภูมิคุ้มกันนี้ Abatacept ช่วยลดอาการ เช่น ความเจ็บปวด การบวม และความแข็งของข้อต่อ และสามารถชะลอความก้าวหน้าของความเสียหายข้อต่อ มักถูกสั่งจ่ายสำหรับผู้ป่วยที่ไม่ตอบสนองต่อยาแก้ไขโรคต้านรีうまติก (DMARDs) อื่น ๆ อย่างเพียงพอ นอกจากนี้ Abatacept ยังใช้ในบางกรณีเพื่อป้องกันโรค graft-versus-host ในผู้ป่วยที่ได้รับการปลูกถ่ายสเต็มเซลล์ เนื่องจากช่วยควบคุมกิจกรรมของระบบภูมิคุ้มกันและลดความเสี่ยงของการปฏิเสธ