3-Methyl-6-nitroindazole ใช้หลักในการวิจัยทางเภสัชศาสตร์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาเพื่อบำบัดโรคทางระบบประสาท เช่น โรคพาร์กินสัน เนื่องจากสามารถปรับเปลี่ยนกิจกรรมของเอนไซม์เฉพาะเจาะจง นอกจากนี้ ยังมีการสำรวจใช้ในการสร้างยาต้านการอักเสบและยาปฏิชีวนะชนิดใหม่ โดยอาศัยคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของยา บทบาทในการสังเคราะห์อินทรีย์ยังขยายไปถึงการผลิตโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการประเมินทางเภสัชวิทยาต่อไป