3-Methyl-6-nitroindazole นิยมใช้ในงานวิจัยทางเคมีและชีววิทยา โดยเฉพาะในการศึกษาปฏิกิริยาและกลไกทางชีวเคมี เนื่องจากโครงสร้างเฉพาะตัวของมันสามารถทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นหรือตัวกลางในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้น นอกจากนี้ยังมีการศึกษาเพื่อประเมินศักยภาพในการเป็นตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวกระตุ้นในกระบวนการทางชีวภาพ ซึ่งอาจนำไปสู่การพัฒนายาใหม่ๆ ในอนาคต