ใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างอินดาโซล ซึ่งมักพบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านยา เช่น ยาต้านมะเร็ง หรือสารยับยั้งการทำงานของเอนไซม์บางชนิด หมู่ไอโอดีนทำหน้าที่เป็นหมู่ที่สามารถทำปฏิกิริยาต่อได้ เช่น การทำปฏิกิริยาเชิงพาณิชย์แบบพาลลาเดียมเร่งปฏิกิริยา (Suzuki coupling) เพื่อสร้างสารอนุพันธ์ใหม่ ส่วนหมู่ tert-butyl carbamate (Boc) ช่วยป้องกันไนโตรเจนในวงแหวน ทำให้ควบคุมการสังเคราะห์ได้แม่นยำยิ่งขึ้น และสามารถถอดหมู่ป้องกันออกได้ภายหลังเมื่อต้องการเปิดใช้งานโครงสร้างหลัก