4-Fluoroindole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในการวิจัยเภสัชกรรมในฐานะสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลายชนิด โครงสร้างของมันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาท เช่น ยากลุ่มปรับตัวรับเซโรโทนิน เนื่องจากแกนอินโดลซึ่งเป็นส่วนประกอบหลักในสารสื่อประสาทหลายชนิด นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในการผลิตสารเคมีเกษตร เช่น ยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช โดยโครงสร้างอินโดลที่ถูกฟลูออรีนเสริมช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความจำเพาะของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ ในด้านวิทยาศาสตร์วัสดุ 4-Fluoroindole ถูกนำมาใช้ในการสังเคราะห์เซมิคอนดักเตอร์อินทรีย์และไดโอดเรืองแสงอินทรีย์ (OLEDs) ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาอุปกรณ์อิเล็กทรอนิกส์ ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่สาขาการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยถูกนำมาใช้ในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยทางวิชาการและอุตสาหกรรม