4-Bromo-6-fluoro-1H-indole ใช้ในการวิจัยเภสัชกรรมเพื่อพัฒนายาตัวแทนบำบัดที่เป็นไปได้ โดยเฉพาะในการศึกษากิจกรรมของตัวรับเซโรโทนิน ทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่อาจใช้รักษาความผิดปกติทางระบบประสาท เช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์อินทรีย์เพื่อสร้างอนุพันธ์อินโดลที่ซับซ้อนสำหรับการค้นพบและพัฒนายา โครงสร้างที่ถูกฮาโลเจนทำให้มีคุณค่ากในการออกแบบโมเลกุลที่มีกิจกรรมทางชีวภาพเฉพาะ