5-Fluoro-2-methylindole ถูกใช้หลักในการสังเคราะห์สารประกอบทางเภสัชภัณฑ์ต่างๆ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท โดยเฉพาะยาที่เกี่ยวข้องกับตัวรับเซโรโทนิน คุณสมบัติโครงสร้างของมันทำให้มีคุณค่าในการสร้างโมเลกุลที่สามารถปรับเปลี่ยนเส้นทางเซโรโทนิน ซึ่งมีความสำคัญในการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และไมเกรน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยทางเคมีอินทรีย์สำหรับการเตรียมอนุพันธ์อินโดล ซึ่งถูกสำรวจสำหรับกิจกรรมทางชีวภาพที่อาจเกิดขึ้น รวมถึงคุณสมบัติต้านมะเร็งและต้านการอักเสบ การประยุกต์ใช้ขยายไปยังการวิจัยทางเกษตรเคมี ที่ซึ่งมันถูกใช้ในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ