5-Fluoroindole ถูกนำมาใช้ในหลายด้านของการวิจัยทางเคมีและชีววิทยา โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารประกอบอินทรีย์ที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งและสารต้านการอักเสบ นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีเพื่อพัฒนาวิธีการสังเคราะห์ใหม่ๆ ที่มีประสิทธิภาพสูง ในด้านเภสัชวิทยา 5-Fluoroindole ถูกนำมาศึกษาเพื่อพัฒนายาที่มีเป้าหมายเฉพาะเจาะจงมากขึ้น โดยเฉพาะในการออกแบบโมเลกุลที่มีผลต่อระบบประสาทและระบบภูมิคุ้มกัน