5-Cyanoindole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในด้านการวิจัยทางเคมีและชีววิทยา เนื่องจากโครงสร้างที่เฉพาะเจาะจงของมัน ซึ่งมีทั้งส่วน indole และหมู่ cyano ที่สามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย มันมักถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินทรีย์ที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่เกี่ยวข้องกับยารักษาโรคและสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ นอกจากนี้ 5-Cyanoindole ยังถูกนำไปใช้ในการศึกษากลไกการทำงานของเอนไซม์และกระบวนการทางชีวเคมีต่างๆ รวมถึงการพัฒนาสารเคมีที่ใช้ในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรกรรมอีกด้วย