5-Methoxyindole ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยเฉพาะในการผลิตยาและสารประกอบชีวภาพ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์อนุพันธ์อินโดลต่างๆ ซึ่งมีความสำคัญในการพัฒนายาที่針對โรคทางระบบประสาท เช่น ภาวะที่เกี่ยวข้องกับเซโรโทนิน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการพัฒนาสารประกอบที่เสริมการป้องกันและการเจริญเติบโตของพืช บทบาทของมันในการสังเคราะห์สีย้อมและเม็ดสีทำให้มีคุณค่าในอุตสาหกรรมสิ่งทอและการพิมพ์ นอกจากนี้ 5-Methoxyindole ยังถูกใช้ในงานวิจัยเพื่อศึกษาคุณสมบัติต้านอนุมูลอิสระและต้านการอักเสบ ซึ่งมีส่วนช่วยในการพัฒนาเคมีภัณฑ์ยา