6-Fluoroindole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมและเกษตรเคมี เนื่องจากคุณสมบัติโครงสร้างที่เป็นเอกลักษณ์ โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบชีวภาพต่างๆ รวมถึงยาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง อะตอมฟลูออรีนช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการดูดซึมทางชีวภาพของสารประกอบเหล่านี้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษาโรค นอกจากนี้ 6-Fluoroindole ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารเกษตรเคมี เช่น ยาฆ่าหญ้าและยาฆ่าแมลง โดยโครงสร้างของมันช่วยเพิ่มประสิทธิภาพและความเลือกสรรของผลิตภัณฑ์เหล่านี้ ความหลากหลายของมันยังขยายไปสู่การสังเคราะห์อินทรีย์ ซึ่งใช้ในการสร้างโมเลกุลซับซ้อนสำหรับการวิจัยและการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรม