6-Fluoroindole ถูกนำมาใช้อย่างกว้างขวางในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพและยา เนื่องจากโครงสร้างของมันมีความคล้ายคลึงกับอินโดลซึ่งเป็นโครงสร้างหลักในหลายๆ สารประกอบทางธรรมชาติ จึงมักใช้เป็นสารตั้งต้นในการผลิตสารเคมีที่มีฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น ยาต้านมะเร็ง ยาต้านไวรัส และยาที่เกี่ยวข้องกับระบบประสาท นอกจากนี้ยังมีการนำไปใช้ในการวิจัยทางเคมีเพื่อพัฒนาสารประกอบใหม่ๆ ที่มีศักยภาพในการรักษาโรคต่างๆ