6-Cyanoindole ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายสำหรับการสร้างโครงสร้างเคมีที่ซับซ้อนมากขึ้น โครงสร้างแกน indole ที่ไม่เหมือนใคร ร่วมกับกลุ่มฟังก์ชันไซยาโน ทำให้เป็นสารกลางที่มีคุณค่าต่อการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีคุณสมบัติบำบัดที่เป็นไปได้ นักวิจัยมักใช้ในการสร้างโมเลกุลที่基于 indole ซึ่งแสดงกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ตัวยับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะ นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นในการเตรียมสารเคมีเกษตร โดยที่อนุพันธ์ของมันสามารถมีส่วนช่วยในการพัฒนายาฆ่าแมลงหรือสารกำจัดวัชพืชใหม่ ความตอบสนองของสารยังทำให้มีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการออกแบบวัสดุอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์หรือสีย้อม โดยรวมแล้ว การประยุกต์ใช้ของมันมุ่งเน้นไปที่บทบาทเป็นสารกลางหลักในการสังเคราะห์โมเลกุลฟังก์ชันที่หลากหลาย