6-Nitroindole ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะส่วนประกอบพื้นฐานที่หลากหลายสำหรับการพัฒนาสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกต่างๆ มันทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ยาที่มีฐานอินโดลซึ่งแสดงกิจกรรมทางชีวภาพ เช่น ต้านการอักเสบ ต้านจุลินทรีย์ และต้านมะเร็ง นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการสร้างสีย้อมเรืองแสงและเม็ดสี เนื่องจากความสามารถในการปรับเปลี่ยนคุณสมบัติทางแสง ในงานวิจัย 6-Nitroindole มักถูกใช้ในการศึกษาที่มุ่งเน้นการพัฒนาวัสดุอินทรีย์ใหม่ๆ และเป็นตัวตรวจสอบในงานทดสอบทางชีวเคมีเพื่อตรวจสอบกลไกของเอนไซม์และปฏิกิริยาระหว่างโมเลกุล กลุ่มไนโตรของมันทำให้เป็นส่วนประกอบที่มีคุณค่ากในการออกแบบสารประกอบสำหรับการประยุกต์ใช้ในด้านเกษตรเคมี รวมถึงการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช