อินโดล-5-คาร์บอกซิลิกแอซิดถูกนำมาใช้ในหลายด้านของอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรม หนึ่งในการใช้งานหลักคือการเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยารักษาโรคและสารประกอบทางเภสัชกรรม มันมีบทบาทสำคัญในการพัฒนายาที่มีฤทธิ์ต้านการอักเสบ ต้านมะเร็ง และต้านจุลชีพ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยทางวิทยาศาสตร์เพื่อศึกษากลไกทางชีวเคมีและกระบวนการทางชีววิทยาในระดับโมเลกุล อินโดล-5-คาร์บอกซิลิกแอซิดยังอาจถูกนำไปใช้ในการผลิตสารเคมีเกษตรและสารกำจัดศัตรูพืช เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพในการควบคุมโรคพืชและแมลงศัตรูพืช