6-Chloro-7-fluoro-1H-indole ถูกนำมาใช้เป็นหลักในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์โมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพหลากหลาย โครงสร้างของสารนี้มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสร้างสารประกอบที่มีศักยภาพในการรักษา เช่น ยาต้านการอักเสบ ยาต้านจุลินทรีย์ หรือยาต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังถูกนำมาใช้ในการพัฒนาสารเคมีเกษตร เพื่อสร้างสารกำจัดศัตรูพืชหรือสารกำจัดวัชพืช แกนอินโดลที่เป็นเอกลักษณ์ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในสังเคราะห์อินทรีย์ มักใช้ในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน นักวิจัยยังสำรวจการประยุกต์ใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุ โดยเฉพาะในการออกแบบวัสดุอินทรีย์ขั้นสูงที่มีคุณสมบัติทางอิเล็กทรอนิกส์หรือโฟโตฟิสิกส์เฉพาะ