ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ยาต้านซึมเศร้า หรือยาแก้ปวด นิยมใช้ในขั้นตอนการสร้างสารตัวอย่าง (lead compound) เนื่องจากโครงสร้างของอินโดลมีความเข้ากันได้ดีกับโปรตีนเป้าหมายหลายชนิด นอกจากนี้ยังใช้เป็นเรแกนต์ในปฏิกิริยาเคมีเพื่อสร้างสารอนุพันธ์ที่มีฟังก์ชันหลากหลายสำหรับงานวิเคราะห์หรือพัฒนายาใหม่