ใช้เป็นตัวกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่ปรับตัวรับเซโรโทนิน โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างโมเลกุลอินโดลที่ซับซ้อนซึ่งมีศักยภาพในการออกฤทธิ์ต่อความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง ใช้กันอย่างแพร่หลายในเคมีเภสัชวิทยาเพื่อสร้างอนุพันธ์ในการศึกษาความสัมพันธ์ระหว่างโครงสร้างและกิจกรรม (SAR) นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสารประกอบชีวภาพสำหรับการวิจัยมะเร็งและการอักเสบ เนื่องจากแกนอินโดลมีความเกี่ยวข้องกับผลิตภัณฑ์จากธรรมชาติ