4,5-ไดคลอรอินโดล ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร มีบทบาทในการพัฒนาสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากมีความคล้ายคลึงทางโครงสร้างกับกรดอินโดลอะซิติก ซึ่งเป็นออซินตามธรรมชาติ นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาสารชีวภาพใหม่ๆ รวมถึงสารต้านเชื้อราและต้านแบคทีเรีย สารอนุพันธ์ของมันถูกสำรวจสำหรับการใช้ในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์และเป็นลิแกนด์ในปฏิกิริยาคาตาลิติก