ใช้ในงานวิจัยด้านเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในกลุ่มสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น สารที่มีผลต่อตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งอาจนำไปพัฒนาเป็นยารักษาโรคทางจิตเวช ภาวะซึมเศร้า หรือโรควิตกกังวล นอกจากนี้ยังใช้เป็นโมเลกุลสำคัญในการสร้างสารฟลูออเรสเซนต์สำหรับการตรวจวัดในห้องปฏิบัติการ เนื่องจากโครงสร้างอินโดลมีคุณสมบัติในการเรืองแสงเมื่อถูกกระตุ้นด้วยแสงความยาวคลื่นเฉพาะ