ใช้ในกระบวนการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในงานวิจัยด้านเภสัชกรรม ซึ่งสารอนุพันธ์ของอินโดลมักเกี่ยวข้องกับการออกฤทธิ์ต่อระบบประสาทส่วนกลาง เช่น ฤทธิ์ต่อต้านภาวะซึมเศร้าหรือฤทธิ์ต่อต้านการอักเสบ นิยมใช้เป็นตัวตั้งต้นในการสร้างสารที่มีโครงสร้างคล้ายฮอร์โมนหรือสารสื่อประสาท เช่น เซโรโทนิน นอกจากนี้ยังนำไปใช้ในงานวิจัยด้านเคมีอินทรีย์เพื่อพัฒนาสารฟลูออเรสเซนต์หรือตัวเร่งปฏิกิริยาในสังเคราะห์สารใหม่