1-methyl-5-nitro-1H-indole ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์และเภสัชวิทยาเพื่อศึกษาปฏิกิริยาและการสังเคราะห์สารประกอบที่มีโครงสร้างคล้ายกัน มักใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ ๆ โดยเฉพาะในกลุ่มสารที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังมีการนำไปใช้ในการศึกษากลไกการเกิดปฏิกิริยาไนเตรชันและกระบวนการดัดแปลงโครงสร้างทางเคมีเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพของสารเป้าหมาย