(5-Chloro-1H-indol-2-yl)methanol ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาต่างๆ โครงสร้างที่มีทั้งวงแหวนอินโดลและกลุ่มไฮดรอกซิเมทิล ทำให้เป็นบล็อกก่อสร้างที่หลากหลายในการสังเคราะห์โมเลกุลชีวภาพ มักใช้ในการเตรียมยาที่มีศักยภาพสำหรับโรคทางระบบประสาท รวมถึงตัวปรับตัวรับเซโรโทนิน เนื่องจากส่วนอินโดลคล้ายกับเซโรโทนิน นอกจากนี้ยังเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเทอโรไซคลิกซับซ้อนที่ใช้ในการวิจัยเคมียา การประยุกต์ใช้ขยายไปถึงการพัฒนาสารเคมีเกษตร โดยมีส่วนในการสร้างยาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืชใหม่ๆ ความตอบสนองของสารยังช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมได้ สนับสนุนการออกแบบวัสดุอินทรีย์เฉพาะทาง