2-Methylindoline-5-carbonitrile ใช้หลักในการสังเคราะห์ยาและสารประกอบอินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตโมเลกุลชีวภาพต่าง ๆ โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่เล็งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาท โครงสร้างของมันมักถูกนำเข้าไปในสารประกอบที่มีศักยภาพเป็นตัวปรับตัวรับเซโรโทนิน ซึ่งสำคัญสำหรับการรักษาโรคเช่น ภาวะซึมเศร้าและความวิตกกังวล นอกจากนี้ สารเคมีนี้ยังถูกใช้ในการวิจัยเพื่อสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกใหม่ ๆ ซึ่งถูกสำรวจสำหรับคุณสมบัติทางรักษาในเคมียารักษาโรค กลุ่มนิทไรล์ของมันยังทำให้เป็นสารตั้งต้นที่มีคุณค่ากในการสังเคราะห์โมเลกุลอินทรีย์ที่ซับซ้อนมากขึ้น