4-Chloro-6-fluoroindoline-2,3-dione ถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนายา โดยเฉพาะอย่างยิ่งในด้านการออกแบบและสังเคราะห์สารออกฤทธิ์ทางชีวภาพที่มีศักยภาพ สารนี้มักถูกศึกษาเพื่อประเมินฤทธิ์ทางเภสัชวิทยา เช่น การต้านเชื้อแบคทีเรีย การต้านการอักเสบ หรือการยับยั้งเอนไซม์เฉพาะ นอกจากนี้ ยังอาจถูกใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อนมากขึ้นในกระบวนการผลิตยา โดยเน้นที่การปรับปรุงประสิทธิภาพและความปลอดภัยของสารออกฤทธิ์