Indolin-5-amine dihydrochloride เป็นสารเคมีที่ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายา โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันถูกนำมาใช้ในการพัฒนายับยั้งเอนไซม์หรือตัวรับเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับเส้นทางของโรค นอกจากนี้ ยังใช้ในการสร้างยาโมเลกุลเล็กสำหรับบำบัดมะเร็ง ซึ่งช่วยในการออกแบบสารประกอบที่สามารถปรับการเพิ่มจำนวนเซลล์หรือการตายของเซลล์ (apoptosis) สารนี้ยังมีคุณค่าต่อการศึกษาเคมีอินทรีย์เพื่อสำรวจปฏิกิริยาและกลไกใหม่ๆ การประยุกต์ใช้ยังขยายไปถึงการพัฒนาสีย้อมและเม็ดสี โดยใช้โครงสร้างอะมีนหอมเพื่อการเกิดสี