เมทิลอินโดลีน-4-คาร์บอกซิเลต ไฮโดรคลอไรด์ ใช้หลักในการวิจัยและพัฒนายาในอุตสาหกรรมเภสัชกรรม โดยทำหน้าที่เป็นสารตั้งต้นสำคัญในการสังเคราะห์สารชีวภาพต่างๆ โดยเฉพาะที่มุ่งเป้าไปยังโรคทางระบบประสาทและจิตเวช โครงสร้างของมันมีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลที่โต้ตอบกับตัวรับเฉพาะในสมอง ทำให้มีประโยชน์ในการพัฒนายารักษาโรค เช่น ภาวะซึมเศร้า ความวิตกกังวล และโรคเสื่อมถอยของระบบประสาท นอกจากนี้ ยังใช้ในเคมีอินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการสร้างสารประกอบเฮเทโรไซคลิกที่ซับซ้อน ซึ่งจำเป็นต่อการค้นพบยาและเคมียารักษา