5-(เบนซิลอกซี)อินโดลีนถูกนำมาใช้ในหลายด้านของการวิจัยทางเคมีและเภสัชวิทยา หนึ่งในการใช้งานหลักคือการเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอินโดลีนอื่นๆ ที่มีศักยภาพในการออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น สารต้านอนุมูลอิสระหรือสารต้านการอักเสบ นอกจากนี้ ยังมีการศึกษาเพื่อนำไปใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในกลุ่มสารที่ออกฤทธิ์ต่อระบบประสาท เนื่องจากโครงสร้างของอินโดลีนมีความคล้ายคลึงกับสารสื่อประสาทบางชนิดในร่างกาย