ใช้ไคลอร์เอทอกซีฟอสเป็นสารกำจัดศัตรูพืชในรูปของสารฆ่าแมลง โดยเฉพาะในการควบคุมแมลงศัตรูพืชชนิดต่างๆ เช่น หนอนและแมลงปีกแข็ง ที่ทำลายพืชเศรษฐกิจ เช่น ข้าว ผัก และพืชไร่ สารนี้ออกฤทธิ์โดยการยับยั้งการทำงานของเอนไซม์อะซีทิลโคลีเนสเทอเรสในระบบประสาทของแมลง ทำให้เกิดการสะสมของสารสื่อประสาท ส่งผลให้แมลงเกิดการชักและตายในที่สุด นิยมใช้ในรูปของสารละลายหรือฝุ่นผงพ่น ซึ่งสามารถติดอยู่บนผิวใบพืชได้ดีและมีฤทธิ์ต่อเนื่องในช่วงเวลาหนึ่ง อย่างไรก็ตาม เนื่องจากมีพิษต่อสิ่งมีชีวิตน้ำและอาจสะสมในสิ่งแวดล้อม จึงต้องใช้อย่างระมัดระวังและปฏิบัติตามคำแนะนำเพื่อลดผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมและสุขภาพมนุษย์