ไอโซทูเซนดานินถูกนำมาใช้หลัก ๆ ในด้านการเกษตรในฐานะยาฆ่าแมลงจากธรรมชาติ มีประสิทธิภาพในการควบคุมศัตรูพืชต่าง ๆ ที่รบกวนพืชผล ทำให้เพิ่มผลผลิตทางการเกษตร สารนี้ทำงานโดยการรบกวนระบบประสาทของศัตรูพืช นำไปสู่การกำจัดในที่สุด นอกจากนี้ ไอโซทูเซนดานินถือเป็นทางเลือกที่เป็นมิตรต่อสิ่งแวดล้อมแทนยาฆ่าแมลงสังเคราะห์ เนื่องจากได้มาจากแหล่งธรรมชาติและมีผลกระทบต่อสิ่งแวดล้อมต่ำกว่า การนำไปใช้มีประโยชน์อย่างยิ่งในระบบการจัดการศัตรูพืชแบบผสมผสาน ซึ่งสามารถใช้ร่วมกับวิธีการควบคุมทางชีวภาพอื่น ๆ เพื่อลดการพึ่งพายาฆ่าแมลงเคมี ทำให้เป็นเครื่องมือที่มีคุณค่าต่อการทำเกษตรยั่งยืนที่มุ่งลดอันตรายต่อสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช่เป้าหมายและระบบนิเวศรอบข้าง