ไอโซอินโดลีนไฮโดรคลอไรด์ถูกนำมาใช้ในอุตสาหกรรมเคมีและเภสัชกรรมอย่างแพร่หลาย โดยเฉพาะในกระบวนการสังเคราะห์สารเคมีที่มีความซับซ้อน มักใช้เป็นสารตั้งต้นหรือสารกลางในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยารักษาโรคและสารประกอบที่ใช้ในการวิจัยทางเภสัชวิทยา นอกจากนี้ยังพบการใช้งานในกระบวนการผลิตสีย้อมและวัสดุโพลิเมอร์บางชนิด เนื่องจากโครงสร้างทางเคมีที่เอื้อต่อการปรับเปลี่ยนและสร้างพันธะเคมีใหม่ได้ง่าย ไอโซอินโดลีนไฮโดรคลอไรด์จึงมีความสำคัญในการพัฒนาสารเคมีที่มีคุณสมบัติเฉพาะทางและประสิทธิภาพสูง