6-Iodoisoindolin-1-one ใช้ในการสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารกลางที่หลากหลายสำหรับการเตรียมสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพต่างๆ ทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักสำคัญในการพัฒนายา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์ตัวยับยั้งเอนไซม์และตัวปรับตัวรับ หมู่ไอโอดีนของมันช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม ซึ่งช่วยให้สร้างโครงสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อน นอกจากนี้ ยังถูกนำมาใช้ในการวิจัยและพัฒนายาที่มีศักยภาพในการรักษาโรคทางระบบประสาทและมะเร็ง