Geranylgeranyl pyrophosphate ใช้เป็นสารตั้งต้นหลักในการสังเคราะห์สารไอโซพรีนอยด์ (isoprenoid) ต่างๆ ซึ่งมีบทบาทสำคัญในกระบวนการของเซลล์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตโมเลกุลสำคัญ เช่น คาโรทีนอยด์ (carotenoids), คลอโรฟิลล์ (chlorophylls), และโทโคฟีรอล (tocopherols) ซึ่งจำเป็นสำหรับการเจริญเติบโตและพัฒนาการของพืช ในเซลล์สัตว์ มันมีส่วนร่วมในการปรับเปลี่ยนโปรตีนหลังการแปลรหัส (post-translational modification) โดยเฉพาะกระบวนการเจอรานิลเจอรานิเลชัน (geranylgeranylation) การปรับเปลี่ยนนี้มีความสำคัญต่อการทำงานที่เหมาะสมของโปรตีนที่เกี่ยวข้องกับการส่งสัญญาณ (signal transduction), การควบคุมวัฏจักรเซลล์ (cell cycle regulation), และการขนส่งเมมเบรน (membrane trafficking) นอกจากนี้ ยังเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยูบิควิโนน (ubiquinone หรือ coenzyme Q) ซึ่งสำคัญสำหรับการขนส่งอิเล็กตรอนในไมโตคอนเดรียและการผลิตพลังงาน บทบาทในเส้นทางเหล่านี้ทำให้มีความสำคัญทั้งในหน้าที่เมแทบอลิซึมและการควบคุมในสิ่งมีชีวิตต่างๆ โดยเฉพาะในเส้นทางเมวาโลเนต (mevalonate pathway) ที่เกี่ยวข้องกับการสร้างไอโซพรีนอยด์หลากหลายชนิดในเซลล์