3-(Chloromethyl)isoquinoline hydrochloride ถูกนำมาใช้ในงานวิจัยทางเคมีเพื่อเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารประกอบอื่นๆ ที่มีความซับซ้อน โดยเฉพาะในกระบวนการสร้างโมเลกุลที่มีโครงสร้างไอโซควิโนลีน ซึ่งเป็นโครงสร้างที่พบในสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพหลายชนิด เช่น ยาต้านมะเร็งและยาต้านจุลชีพ นอกจากนี้ ยังอาจใช้ในการพัฒนายาใหม่ๆ เนื่องจากมีศักยภาพในการปรับเปลี่ยนโครงสร้างเพื่อเพิ่มประสิทธิภาพและความเฉพาะเจาะจงของยา การใช้งานหลักจึงมักเกี่ยวข้องกับห้องปฏิบัติการเคมีและเภสัชวิทยา เพื่อศึกษาคุณสมบัติและความเป็นไปได้ในการนำไปประยุกต์ใช้ทางการแพทย์