6-Bromo-7-chloroisoquinoline นิยมใช้ในงานวิจัยทางเคมีอินทรีย์และเภสัชวิทยา โดยเฉพาะในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ เช่น ยาต้านมะเร็งหรือยาต้านจุลชีพ เนื่องจากโครงสร้างของมันมีส่วนช่วยในการปรับปรุงประสิทธิภาพและความจำเพาะของสารออกฤทธิ์ นอกจากนี้ยังใช้เป็นสารตั้งต้นในการพัฒนายาใหม่ ๆ เนื่องจากสามารถทำปฏิกิริยาได้หลากหลาย และช่วยในการสร้างโมเลกุลที่ซับซ้อนได้ง่าย