ใช้ในงานสังเคราะห์สารอินทรีย์ในฐานะสารกลางสำหรับเภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร หมู่ฮาโลเจนช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการจับคู่ข้ามแบบเลือก性 ทำให้มีคุณค่าในการสร้างสารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในการพัฒนาโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ รวมถึงผู้สมัครยาที่มีศักยภาพในการกำหนดเป้าหมายต่อภาวะทางระบบประสาทและภาวะอักเสบ โดยเฉพาะสารอนุพันธ์ไอโซควิโนลีนที่มีฤทธิ์ต้านจุลชีพหรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบวัสดุขนส่งอิเล็กตรอนในอิเล็กทรอนิกส์อินทรีย์ เนื่องจากหมู่โบรมีนและคลอรีนสามารถทำปฏิกิริยาแทนที่ได้ง่ายในกระบวนการสร้างพันธะคาร์บอน-คาร์บอนหรือคาร์บอน-ฮีเทอโรอะตอม จึงเหมาะสำหรับการปรับแต่งโครงสร้างโมเลกุลในห้องปฏิบัติการวิจัยด้านเภสัชกรรม