ใช้เป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์ยา โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และสารสำหรับระบบประสาทส่วนกลาง โครงสร้างของมันช่วยในการสร้างสารประกอบฮีตโรไซคลิกที่ซับซ้อนที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ ใช้บ่อยในเคมียาสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากอะตอมโบรมีนช่วยให้สามารถปรับแต่งเพิ่มเติมผ่านปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig ได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมโพรบเรืองแสงและสารสำหรับการถ่ายภาพ เนื่องจากแกน isoquinoline มีคุณสมบัติเรืองแสงโดยธรรมชาติเมื่อถูกแทนที่อย่างเหมาะสม