ใช้เป็นสารระหว่างกลางหลักในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาตัวยับยั้งคินาสและโมเลกุลที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพอื่นๆ โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถทำการปรับแต่งหน้าที่แบบเลือกสรรได้ ทำให้มีคุณค่าในเคมียาเพื่อการสร้างสารประกอบเฮเทอโรไซคลิกที่ซับซ้อน ใช้กันทั่วไปในปฏิกิริยาการจับคู่ข้าม เช่น Suzuki หรือ Buchwald-Hartwig aminations เพื่อสร้างโมเลกุลที่คล้ายยา นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยเพื่อพัฒนาการรักษาที่มีศักยภาพในด้านมะเร็งวิทยาและความผิดปกติของระบบประสาทส่วนกลาง เนื่องจากแกนไอโซควิโนลีนซึ่งเป็นที่รู้จักในการโต้ตอบกับเป้าหมายทางชีวภาพต่างๆ