ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์และสารเคมีเกษตร 1,3,6-ไตรคลอโรไอโซควิโนลีนทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบพื้นฐานสำหรับสารประกอบเฮเตอโรไซคลิกที่ซับซ้อนมากขึ้น อะตอมคลอรีนที่ทำปฏิกิริยาได้ของมันช่วยให้เกิดปฏิกิริยาการแทนที่แบบเลือกเพศ ทำให้มีคุณค่าต่อการพัฒนาโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ มันมีประโยชน์อย่างยิ่งในเคมีเภสัชกรรมสำหรับการสร้างโครงสร้างไอโซควิโนลีนที่แสดงกิจกรรมต้านจุลินทรีย์ ต้านไวรัส หรือต้านมะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในการเตรียมสีย้อมและวัสดุฟังก์ชันนอลเนื่องจากโครงสร้างอะโรมาติกที่เสถียรและศักยภาพในการดัดแปลง