ใช้ในงานวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารกลางสำคัญในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีฤทธิ์ทางชีวภาพ โดยเฉพาะในการพัฒนายับยั้ง kinase และยาที่มุ่งเป้าไปยังระบบประสาทส่วนกลาง (CNS) กลุ่ม trifluoromethyl ช่วยเพิ่มความเสถียรทางเมแทบอลิซึมและการซึมผ่านเยื่อหุ้มเซลล์ ทำให้มีคุณค่าในการปรับปรุงยาตัวสมัคร นอกจากนี้ยังใช้ในอุตสาหกรรมเกษตรเคมีสำหรับออกแบบยาฆ่าแมลงใหม่ที่มีประสิทธิภาพสูงขึ้นและโปรไฟล์สิ่งแวดล้อมที่ดีขึ้น พบบ่อยในเคมียารักษาโรคสำหรับการศึกษาความสัมพันธ์โครงสร้าง-กิจกรรม (SAR) เนื่องจากโครงสร้าง isoquinoline ที่แข็งและสารย่อยโซนอิเล็กตรอน รวมถึงการนำไปใช้ในยาต้านมะเร็งและยาที่ออกฤทธิ์ต่อ CNS เช่น ยาต้านอาการซึมเศร้าและยาต้านจิตประสาท โดยช่วยเพิ่มความสามารถในการผ่านเลือดสมองและความจำเพาะต่อตัวรับ