6-Bromo-3-fluoroisoquinoline ถูกนำมาใช้ในการวิจัยเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นสำหรับการสังเคราะห์โมเลกุลที่ซับซ้อน โดยเฉพาะในการพัฒนายาที่มุ่งเป้าไปยังความผิดปกติทางระบบประสาทและมะเร็ง โครงสร้างของมันช่วยให้สามารถปรับเปลี่ยนเพื่อเพิ่มความสัมพันธ์ในการจับกับเป้าหมายทางชีวภาพเฉพาะ ทำให้มีคุณค่าในเคมียารักษา นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นสารกลางในกระบวนการผลิตสารเคมีเกษตร ซึ่งช่วยในการสร้างสารประกอบที่ปรับปรุงการป้องกันพืชและผลผลิต โครงสร้างที่ฮาโลเจนของมันยังมีประโยชน์ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการออกแบบโพลิเมอร์ขั้นสูงและสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะ