3-Methyl-isothiazole-4-carboxylic acid ถูกนำมาใช้อย่างแพร่หลายในอุตสาหกรรมเภสัชกรรมเป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์ยาชนิดต่าง ๆ โดยเฉพาะยาที่มีฤทธิ์ต้านเชื้อแบคทีเรียและเชื้อรา โครงสร้างของสารนี้มีบทบาทสำคัญในการสร้างสารประกอบที่กำหนดเป้าหมายไปยังการติดเชื้อจากจุลินทรีย์ได้อย่างมีประสิทธิภาพ นอกจากนี้ยังเป็นสารกลางในการสังเคราะห์อินทรีย์ที่ช่วยในการผลิตโมเลกุลชีวภาพต่าง ๆ การนำไปใช้ยังขยายไปยังการวิจัย โดยใช้ในการศึกษากลไกทางชีวเคมีและกระบวนการค้นพบยา