เอทอกซีคาร์บอนิล ไอโซไทโอไซยาเนต ถูกใช้อย่างแพร่หลายในการสังเคราะห์อินทรีย์ในฐานะตัวเร่งปฏิกิริยาที่หลากหลายสำหรับการนำกลุ่มฟังก์ชันไอโซไทโอไซยาเนตเข้าไปในโมเลกุลต่างๆ มันมีคุณค่าอย่างยิ่งในการเตรียมอนุพันธ์ไทโอยูเรีย ซึ่งเป็นสารกลางสำคัญในการพัฒนายาเคมีเกษตร และสารประกอบที่มีกิจกรรมทางชีวภาพ สารประกอบนี้ยังถูกใช้ในการสังเคราะห์สารประกอบเฮเตอร์โรไซคลิก เช่น ไทอะซอล และไทอะไดอะซอล ซึ่งมีการประยุกต์ใช้ในเคมียารักษาเนื่องจากกิจกรรมทางชีวภาพที่หลากหลาย นอกจากนี้ ยังทำหน้าที่เป็นส่วนประกอบหลักในการผลิตสีย้อม สารให้สี และโพลิเมอร์ โดยความสามารถในการทำปฏิกิริยาของมันช่วยให้สามารถสร้างโครงสร้างที่ซับซ้อนที่มีคุณสมบัติเฉพาะ