เอทิลไอโซไทโอไซยาเนตใช้เป็นสารตั้งต้นในการสังเคราะห์สารเคมีหลายชนิด โดยเฉพาะในอุตสาหกรรมยาและเกษตรกรรม ในด้านยา มันถูกนำมาใช้ในการผลิตสารออกฤทธิ์ทางชีวภาพและยาต้านมะเร็ง เนื่องจากมีคุณสมบัติในการยับยั้งการเจริญเติบโตของเซลล์มะเร็ง นอกจากนี้ยังใช้ในกระบวนการผลิตสารกำจัดศัตรูพืชและสารควบคุมการเจริญเติบโตของพืช เนื่องจากมีความสามารถในการทำลายหรือยับยั้งการทำงานของเชื้อโรคและแมลงศัตรูพืชได้อย่างมีประสิทธิภาพ ในห้องปฏิบัติการ เอทิลไอโซไทโอไซยาเนตยังถูกใช้เป็นรีเอเจนต์ในการวิเคราะห์ทางเคมีและชีวเคมี เพื่อตรวจสอบหรือวัดปริมาณสารบางชนิดในตัวอย่าง