ใช้เป็นสารกลางในการสังเคราะห์สารเคมีเกษตรและเภสัชภัณฑ์ โดยเฉพาะในการพัฒนาสารกำจัดวัชพืชและสารป้องกันเชื้อรา หมู่ไอโซธิโอไซยาเนตที่ทำปฏิกิริยาได้ช่วยให้เกิดการจับคู่โคเวเลนต์กับนิวคลีโอไฟล์ทางชีวภาพ ทำให้มีคุณค่าในการออกแบบโมเลกุลชีวภาพที่ใช้งานได้ นอกจากนี้ยังใช้ในการวิจัยสำหรับการติดฉลากและการเชื่อมโยงข้ามชีวโมเลกุล เนื่องจากความสามารถในการทำปฏิกิริยากับกลุ่มอะมีนและซัลฟไฮดรีล