4-Bromophenyl isothiocyanate ใช้หลักๆ ในการสังเคราะห์อินทรีย์ โดยทำหน้าที่เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตยาและสารเคมีเกษตรต่างๆ มีคุณค่าอย่างยิ่งในการสังเคราะห์สารประกอบที่มีศักยภาพทางชีวภาพ เช่น ยับยั้งหรือตัวต่อต้านตัวรับ ในงานวิจัย ใช้ในการปรับเปลี่ยนเปปไทด์หรือโปรตีน เพื่อช่วยในการศึกษากลไกทางชีวเคมี นอกจากนี้ ยังนำไปใช้ในวิทยาศาสตร์วัสดุสำหรับการพัฒนาโพลิเมอร์ขั้นสูงหรือสารเคลือบที่มีคุณสมบัติเฉพาะทาง ความตอบสนองต่ออะมีนและนิวคลีโอไฟล์อื่นๆ ทำให้เป็นเครื่องมือที่หลากหลายในการแปลงสารเคมี