ไซโคลเฮกซิล ไอโซไทโอไซยาเนต ใช้หลักในการสังเคราะห์อินทรีย์เป็นส่วนประกอบพื้นฐานในการเตรียมสารประกอบเคมีต่างๆ เป็นสารกลางสำคัญในการผลิตสารเคมีเกษตร โดยเฉพาะในการพัฒนายาฆ่าแมลงและสารกำจัดวัชพืช นอกจากนี้ ยังใช้ในการสังเคราะห์เภสัชภัณฑ์ ซึ่งช่วยในการสร้างส่วนประกอบที่ใช้งานได้สำหรับการประยุกต์ใช้ทางการแพทย์ ในการวิจัย ใช้เป็นตัวเร่งปฏิกิริยาในการศึกษาปฏิกิริยาเคมีและกลไก โดยเฉพาะที่เกี่ยวข้องกับกลุ่มฟังก์ชันไอโซไทโอไซยาเนต บทบาทในวิทยาศาสตร์วัสดุรวมถึงการปรับเปลี่ยนโพลิเมอร์และสารเคลือบเพื่อเพิ่มคุณสมบัติเฉพาะ นอกจากนี้ ยังพบการประยุกต์ใช้ในอุตสาหกรรมกลิ่นและน้ำหอม ซึ่งใช้ในการพัฒนาสารประกอบหอมที่ไม่เหมือนใคร